Με τους Solid Snake και Big Boss εκτός δράσης, η ανθρωπότητα ξέμεινε από πράκτορες που έχουν μαύρη ζώνη στο στελθ. Χάθηκαν, όμως, όλοι οι σούπερ πράκτορες από προσώπου γης; Όχι, καθώς θα υπάρχουν εταιρείες που αντιστέκονται και πάντα θ’ αντιστέκονται…